近期，国家税务总局金华市税务局第二稽查局（以下简称第二稽查局）追踪企业涉税疑点，对F机械公司实施税收核查。检查人员经过调查确认，涉案企业在2021年—2023年经营期间，存在违规税前列支900多万元研发费用，以及向关联企业低价转让自研专利技术少缴税费问题。该局依法对企业作出补缴税费、加收滞纳金并处罚款的处理决定。目前，案件已执行完毕。2024年4月，金华市税务局风控人员使用税收风险模型分析F机械公司涉税数据时，发现该企业在收入申报和研发费用加计扣除方面存在异常，于是将疑点信息传送至第二稽查局。第二稽查局检查人员收到线索后，从征管软件中调取了该公司的申报信息和涉税数据进行了案头分析和初步核查。F机械公司为高新技术企业，主要从事汽车发动机零部件的研发设计、生产制造、市场推广及技术转让等业务，为增值税一般纳税人。F机械公司2021年—2022年销售额为下降状态，同期营业成本快速增长。检查人员仔细查看企业相关数据后发现，企业营业成本剧增的主要原因是企业申报的研发加计扣除费用增长迅速。检查人员随后对企业近3年的营业收入情况和研发费用情况进行了针对性分析后发现，2023年F机械公司有一笔1.07亿元的大额营业外收入，这部分收入是企业向一家名为G科技公司的企业转让一项自研专利所得。但同期由于企业研发设备折旧和新购入无形资产摊销等原因，企业的成本费用也出现大幅增长，因此在扣除成本费用后，企业该年度处于亏损状态。检查人员认为，F机械公司相关成本费用的增长速度与当地同行业企业的状况并不相符，在研发费用归集和成本摊销方面存在疑点。此外，2023年该企业向G科技公司转让自有专利技术的活动也让检查人员有些不解。于是，检查人员仔细查阅了F机械公司申报时提供的技术转让合同等资料，并通过行业网络平台等渠道对其转让的专利技术的情况进行了核查了解，发现这项技术属于比较先进的革新技术，可有效提升产品生产效能。检查人员查阅了企业申报信息，发现F机械公司为研发这项专利技术，曾投入不少资金采购了多台价值不菲的设备，并且因此招聘了不少专业技术人才。大量投入辛苦研发出来的先进专利技术，为何要低价转让给他人？带着疑惑，检查人员将视线转向技术的受让方G科技公司。经过核查后发现，G科技公司与F机械公司竟然均是某公司下属的子公司，两家企业是关联企业。综合前期案头分析和初步检查结果，检查人员认为，F机械公司在研发费用加计扣除和专利技术转让业务方面存在较为明显的涉税疑点，企业可能存在多计研发费用和通过不合理价格关联交易少缴税款问题，于是决定对F机械公司立案调查。
针对企业研发费用过快增长疑点，在细分企业研发费用项目后，检查人员决定首先对F机械公司研发项目的人员人工费用、设备折旧费用、其他相关费用3个方向予以重点核查。到达企业经营地后，检查人员按计划实施核查。一组检查人员依法对企业财务部门、研发部门负责人进行询问，核实了解企业研发业务和人员等情况；另一组检查人员负责调阅企业相关年度的账簿、凭证等核算资料，寻找线索，核实疑点。在对企业研发场地、设施等进行核查的过程中，该企业研发工作负责人向检查人员介绍说，F机械公司的研发中心占地约300平方米，配备了数台研发专用设备，企业共有5个项目团队在研发中心从事相关项目的研发工作。但细心的检查人员在核查中发现，使用这些“研发专用设备”的工作人员身着不同的工服，并且从其胸前的工牌信息看，这些人员既有研发人员也有企业生产人员。这一细节，让检查人员对企业所称“研发专用设备”的专用属性真实性产生了怀疑。与此同时，另外一组检查人员顺利调取企业账册、研发费用加计扣除辅助账、项目立项书和研发设备使用登记簿等资料，并按照事先确定的检查要点，对F机械公司检查期内研发项目成本费用的核算情况进行针对性核查。在对企业研发人员人工费用情况进行核查时，检查人员仔细对比和分析企业人员考勤记录、人员岗位表和研发人员工资薪金表中的数据信息后发现了问题：该企业在研发人员人工费用中，不仅列支了项目研发人员的工资薪金，同时也列支了部分行政管理人员、不参与研发工作的车间生产工人，以及部分企业高管的工资薪金。经统计，企业研发费用中所列支的与研发工作无关人员的工资薪金费用累计达160余万元。检查人员随后结合研发中心现场核查情况，对照F机械公司提供的研发费用支出明细、研发设备使用状况表等资料，对该公司研发设备的折旧和成本列支情况进行了核查分析，发现该公司部分研发设备也用于产品生产活动，但该公司却未依照国家税务总局公告2017年第40号第三条规定“用于研发活动的仪器、设备，同时用于非研发活动的，企业应对其仪器设备使用情况做必要记录，并将其实际发生的折旧费按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配”处理。而是将相关设备生产产品时长对应的设备折旧费，也一并计入研发费用进行了加计扣除。检查人员根据企业的设备工作时长登记表，对相关设备的折旧费用进行了仔细比对和清分，最终确认企业研发费用中超范围列支的加计扣除设备折旧累计达712万余元。此外，检查人员在核查F机械公司列支的其他相关研发费用时还发现，该企业存在咨询费、差旅费、会议费等费用超限额列支情况。经核算，企业需调减相关加计扣除费用86万余元。疑点二：是否存在通过不合理价格关联交易少缴税款问题？为了搞清楚F机械公司与G科技公司技术转让交易的具体情况，检查人员从企业调取了双方转让合同、被转让技术研发费用核算资料等进行了仔细核查分析。他们发现，F机械公司开发的专利技术的成本为1.09亿元，而企业转让该项交易的价格是1.07亿元——交易是个赔本买卖。检查人员请第三方评估机构对该技术的市场公允价值进行了评估，结果显示，其市场转让价格应为1.2亿元。随后，检查人员约谈了F机械公司负责人，出示了各项核查证据后，向F机械公司负责人详细讲解了研发费用加计扣除政策。此外，检查人员向企业负责人表示，企业所得税法第四十一条规定：“企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。”经核查，F机械公司向关联企业G科技公司转让技术的价格并不是市场公允价格，不符合独立交易原则，因此该项交易需进行特别纳税调整，F机械公司应依照该技术的市场公允价格，对该项交易的应纳税所得额进行调整。
最终，F机械公司负责人承认企业存在多计研发费用，以及技术转让定价偏低等情况。针对F机械公司涉税问题，第二稽查局结合核查确认的情况，依法对检查期内企业研发费用和应纳税所得额进行了调整，作出补缴税款、加收滞纳金并处罚款共575万元的处理决定。目前，案件已执行完毕，相关税费均已征缴入库。
一、建立研发费用全流程合规管理
精准归集研发支出
人员界定：建立研发人员专项档案，明确岗位职责、考勤记录及工时分配表，避免行政、生产等非研发人员工资混入研发费用（案例中160万元风险源于此）。
设备分摊：对研发与生产共用设备，按《国家税务总局公告2017年第40号》要求，建立设备使用台账，按工时或产量合理分摊折旧费用（如案例中712万元违规列支）。
费用限额管控：其他费用（咨询费、差旅费等）严格按研发费用总额的10%限额控制，超支部分不得加计扣除。
完善研发项目文档。立项阶段留存《研发项目计划书》《可行性研究报告》；实施阶段记录实验日志、阶段性成果；结题阶段提交验收报告及知识产权证明，形成完整证据链。
二、加强关联交易定价风险防范
独立交易原则落地
定价基准：涉及技术转让、服务收费等关联交易，优先采用可比非受控价格法、成本加成法等确定公允价格，必要时引入第三方评估（如案例中1.07亿元VS评估价1.2亿元）。
文档备查：签署《关联交易定价协议》，同步留存评估报告、行业数据比对表等，确保符合《特别纳税调整实施办法》。
预约定价安排（APA）。对长期性、大额关联交易（如专利授权、技术共享），可主动向税务机关申请APA，提前锁定定价规则，降低稽查风险。
三、动态化税务健康监测
内控审计常态化。每季度开展研发费用专项审计，核查人员、设备、费用的归集逻辑，利用ERP系统设置“研发费用”独立科目及辅助账，实现数据可追溯。
政策适配性评估。定期邀请税务顾问对研发加计扣除、高企资质维持条件（如收入占比、研发费用比例）进行合规诊断，避免“申报后放任”导致的资格取消风险。
